三祖寺作为禅宗祖庭，三祖僧璨的道场，千百年来，曾涌现过许多高僧大德。开山僧宝志，是梁武帝萧衍的国师，他形迹邋遢，近乎疯癫。据《花朝生笔记》载，明清以来流传最广的活佛济公的艺术形象，就是根据宝志的原型塑造的。宝志与白鹤道人斗法开山的故事，至今还在三柱山区广为流传。
在高僧辈出的中国佛教禅宗中，三祖僧璨则是一位杰出的大师。他不仅在北周宇文氏灭佛、隋杨广餮灭建康的危境中忍辱负重，将禅宗这一刚刚植入中国土壤的新的佛教宗派从濒临灭绝的危境中拯救出来，使之延续发展，同时，他在隐避皖公山的十数年间，完成了他的毕生之著《信心铭》，为禅宗思想体系的形成奠定了坚实的理论基础。
四祖道信，少年来三祖寺，在僧璨精心培育下，受领禅宗衣钵，传法于皖、赣、鄂三省，改《楞伽经》为《金刚经》传家，为后来六祖慧能的“顿悟”法门开示了理论先导，也为禅宗的最后形成拓宽了理论领域并奠定了组织基础。嗣后，唐代的智、宋时的守禧、明季的善达、清初的东源，以及民国时的月海等，都为振兴祖业，光耀宗风作出了各自的贡献。
在历代高僧驻锡的同时，三祖寺也得到了诸多檀越的护持。上自帝室，下至庶贤，如：梁武帝萧衍，唐肃宗李亨、代宗李豫、宣宗李忱，宋太宗赵光义、仁宗赵桢；唐舒州别驾李常、刺史独孤及、张彦远；梁潜邑隐士何氏三高、明处士葛暹等。虽然他们出于各自不同的动机和目的，但毕竟对三祖寺的兴盛和发展起过重要作用。
